哈尔滨工业大学科学与工业技术研究院（以下简称科工院）成立于2008年3月，旨在巩固国防科研优势的同时，加强民品科研力度，落实精细化管理，军民分线，纵向、横向、基础分类管理，提升学校的办学水平与综合实力，经学校第10届55次党委常委会研究决定，对原科学技术处、科学技术研究院、工业技术研究院（大学科技园）进行整合重新组成哈尔滨工业大学科学与工业技术研究院，下设四个部门：科学技术研究院、工业技术研究院、基础与交叉科学研究院、科研生产管理中心，四个部门为正处级单位。
2012年5月，经学校第十一届15次党委常委会研究，决定成立哈尔滨工业大学经济管理与人文社会科学研究院（以下简称经管人文研究院），科工院科学技术研究院相关经管人文科研管理职能划转到经管人文研究院。
2016年7月，为配合学校“双一流”建设，适应新形势下学校对科研管理的新要求，经学校党委常委会十二届9次会议研究，决定对科学与工业技术研究院机构设置做出调整，撤销工业技术研究院，下设机构变更为：科学技术研究院，产业技术研究院，国防技术研究院，科研生产管理中心。
2017年11月，根据学校综合改革领导小组对行政管理改革的总体要求，进一步精简机构、整合职能、促进协同，突出行政管理改革的针对性和实效性，经学校党委常委会第十二届30次会议研究，决定将经管人文研究院更名为文科建设办公室，并入科工院。同时将国家大学科技园由科工院转隶资产投资经营有限公司。
2018年12月，经学校党委常委会十二届43次会议研究，决定将产业技术研究院整建制划入资产投资经营有限责任公司，基础与交叉科学研究院划归科工院，并更名为交叉科学研究中心。
科工院主要负责统筹学校“一校三区”科学技术研究和科技创新能力建设的组织协调、综合规划、政策制定、管理服务工作。主要包括：国家科技计划项目、国防科研、国际科技合作与交流、科技创新平台与基地建设、成果与知识产权、技术成果转化、科研条件保障与信息化建设，管理运营黑龙江省工业技术研究院、联系国家大学科技园、大科学工程专项建设指挥部。（20190309更新）
地址：哈尔滨市南岗区一匡街2号哈工大科学园2H栋5楼
